Table 2 Best rank for (re)scoring with ZDOCK, E 86, and \(E_{86}^{\text {trained}}\) for complexes from the Dockground 2.0 benchmark
From: Evaluation of the coarse-grained OPEP force field for protein-protein docking
Complex | ZDOCK | E 86 | \(E_{86}^{\text {trained}}\) |
|---|---|---|---|
Enzyme/inhibitor | |||
1ARO | - | - | - |
1AVW | 2 (56/-) | 12 (76/-) | 46 (48/-) |
1BTH | 366 (-/-) | 218 (-/-) | 106 (-/-) |
1CHO | 3 (3/86) | 5 (5/59) | 1 (1/21) |
1GPQ | 1271 (-/-) | 438 (-/-) | 109 (-/-) |
1ID5 | 72 (-/-) | 11 (-/-) | 4 (-/-) |
1KU6 | 10 (62/-) | 19 (74/-)) | 14 (103/-) |
1OFH | - | - | - |
1PPF | 12 (12/36) | 12 (12/109) | 1 (1/13) |
1T6G | 2 (2/579) | 22 (22/311) | 5 (6/121) |
1TX6 | 539 (610/-) | 28 (28/-) | 87 (1090/-) |
1UGH | 1 (1/1098) | 1 (1/104) | 1 (1/44) |
1XX9 | 279 (-/-) | 17 (-/-) | 8 (-/-) |
2BKR | 4 (4/-) | 18 (24/-) | 33 (33/-) |
2D26 | - | - | - |
2FI4 | 335 (1287/1287) | 69 (69/182) | 48 (48/86) |
2KAI | 269 (737/-) | 287 (287/-) | 75 (75/-) |
3SIC | 1 (6/24) | 1 (1/1) | 1 (1/1) |
\(\varnothing \) | 211.3 | 77.2 | 35.9 |
Antigen/antibody | |||
1A2Y | 5 (-/-) | 21 (-/-) | 3 (-/-) |
1G6V | 1344 (-/-) | 1485 (-/-) | 705 (-/-) |
1G9M | 1 (5/-) | 4 (38/-) | 3 (18/-) |
2BNQ | - | - | - |
1BZQ | 13 (13/13) | 22 (22/61) | 7 (43/274) |
1FBI | 609 (-/-) | 1113 (-/-) | 1174 (-/-) |
1FNS | 729 (-/-) | 1055 (-/-) | 1906 (-/-) |
1H0D | 159 (-/-) | 17 (-/-) | 1 (-/-) |
1JTP | 13 (-/-) | 1 (-/-) | 2 (-/-) |
1MQ8 | 16 (98/-) | 1479 (1548/-) | 565 (807/-) |
1NBY | - | - | - |
1NCB | - | - | - |
1NSN | 562 (-/-) | 695 (-/-) | 949 (-/-) |
1PKQ | - | - | - |
1SQ2 | 1 (16/-) | 1 (6/-) | 2 (8/-) |
1Z3G | 6 (6/-) | 1273 (1273/-) | 378 (378/-) |
\(\varnothing \) | 288.2 | 597.2 | 474.6 |
Other complexes | |||
1BUI | 343 (-/-) | 1332 (-/-) | 573 (-/-) |
1F6A | - | - | - |
1FM9 | 1 (14/52) | 2 (3/26) | 2 (24/87) |
1G20 | 11 (132/-) | 15 (178/-) | 12 (34/-) |
1G4A | - | - | - |
1G4U | - | - | - |
1GHQ | - | - | - |
1GLB | 1021 (-/-) | 1356 (-/-) | 1352 (-/-) |
1HXY | - | - | - |
1JWM | - | - | - |
1K90 | - | - | - |
1K93 | - | - | - |
1L9B | - | - | - |
1MA9 | 1 (4/-) | 1 (3/-) | 1 (1/-) |
1NBF | 91 (-/-) | 105 (-/-) | 106 (-/-) |
1NVU | 1020 (-/-) | 555 (-/-) | 192 (-/-) |
1OMW | - | - | - |
1OOK | 171 (-/-) | 639 (-/-) | 237 (-/-) |
1P7Q | 3 (433/-) | 13 (139/-) | 21 (215/-) |
1R4M | 9 (-/-) | 201 (-/-) | 27 (-/-) |
1RQQ | - | - | - |
1S6V | 1 (-/-) | 9 (-/-) | 7 (-/-) |
1SQ0 | - | - | - |
1U0N | - | - | - |
1U7F | 149 (936/-) | 1508 (1875/-) | 969 (1740/-) |
1UEX | 25 (872/-) | 14 (578/-) | 11 (457/-) |
1V7P | 76 (-/-) | 52 (-/-) | 13 (-/-) |
1WLI | - | - | - |
1YI5 | - | - | - |
1ZY8 | 202 (325/435) | 143 (527/1097) | 54 (495/940) |
2A42 | - | - | - |
2ATQ | - | - | - |
2B4S | - | - | - |
2CKH | 1 (1/21) | 1 (1/178) | 1 (1/68) |
2G45 | 912 (-/-) | 682 (-/-) | 438 (-/-) |
2GD4 | - | - | - |
2GOO | - | - | - |
2GY7 | - | - | - |
3FAP | 143 (-/-) | 80 (-/-) | 95 (-/-) |
3PRO | 158 (350/-) | 41 (154/-) | 136 (412/-) |
\(\varnothing \) | 228.3 | 355.2 | 223.5 |