Skip to main content

Table 2 Best rank for (re)scoring with ZDOCK, E 86, and \(E_{86}^{\text {trained}}\) for complexes from the Dockground 2.0 benchmark

From: Evaluation of the coarse-grained OPEP force field for protein-protein docking

Complex ZDOCK E 86 \(E_{86}^{\text {trained}}\)
Enzyme/inhibitor
1ARO - - -
1AVW 2 (56/-) 12 (76/-) 46 (48/-)
1BTH 366 (-/-) 218 (-/-) 106 (-/-)
1CHO 3 (3/86) 5 (5/59) 1 (1/21)
1GPQ 1271 (-/-) 438 (-/-) 109 (-/-)
1ID5 72 (-/-) 11 (-/-) 4 (-/-)
1KU6 10 (62/-) 19 (74/-)) 14 (103/-)
1OFH - - -
1PPF 12 (12/36) 12 (12/109) 1 (1/13)
1T6G 2 (2/579) 22 (22/311) 5 (6/121)
1TX6 539 (610/-) 28 (28/-) 87 (1090/-)
1UGH 1 (1/1098) 1 (1/104) 1 (1/44)
1XX9 279 (-/-) 17 (-/-) 8 (-/-)
2BKR 4 (4/-) 18 (24/-) 33 (33/-)
2D26 - - -
2FI4 335 (1287/1287) 69 (69/182) 48 (48/86)
2KAI 269 (737/-) 287 (287/-) 75 (75/-)
3SIC 1 (6/24) 1 (1/1) 1 (1/1)
\(\varnothing \) 211.3 77.2 35.9
Antigen/antibody
1A2Y 5 (-/-) 21 (-/-) 3 (-/-)
1G6V 1344 (-/-) 1485 (-/-) 705 (-/-)
1G9M 1 (5/-) 4 (38/-) 3 (18/-)
2BNQ - - -
1BZQ 13 (13/13) 22 (22/61) 7 (43/274)
1FBI 609 (-/-) 1113 (-/-) 1174 (-/-)
1FNS 729 (-/-) 1055 (-/-) 1906 (-/-)
1H0D 159 (-/-) 17 (-/-) 1 (-/-)
1JTP 13 (-/-) 1 (-/-) 2 (-/-)
1MQ8 16 (98/-) 1479 (1548/-) 565 (807/-)
1NBY - - -
1NCB - - -
1NSN 562 (-/-) 695 (-/-) 949 (-/-)
1PKQ - - -
1SQ2 1 (16/-) 1 (6/-) 2 (8/-)
1Z3G 6 (6/-) 1273 (1273/-) 378 (378/-)
\(\varnothing \) 288.2 597.2 474.6
Other complexes
1BUI 343 (-/-) 1332 (-/-) 573 (-/-)
1F6A - - -
1FM9 1 (14/52) 2 (3/26) 2 (24/87)
1G20 11 (132/-) 15 (178/-) 12 (34/-)
1G4A - - -
1G4U - - -
1GHQ - - -
1GLB 1021 (-/-) 1356 (-/-) 1352 (-/-)
1HXY - - -
1JWM - - -
1K90 - - -
1K93 - - -
1L9B - - -
1MA9 1 (4/-) 1 (3/-) 1 (1/-)
1NBF 91 (-/-) 105 (-/-) 106 (-/-)
1NVU 1020 (-/-) 555 (-/-) 192 (-/-)
1OMW - - -
1OOK 171 (-/-) 639 (-/-) 237 (-/-)
1P7Q 3 (433/-) 13 (139/-) 21 (215/-)
1R4M 9 (-/-) 201 (-/-) 27 (-/-)
1RQQ - - -
1S6V 1 (-/-) 9 (-/-) 7 (-/-)
1SQ0 - - -
1U0N - - -
1U7F 149 (936/-) 1508 (1875/-) 969 (1740/-)
1UEX 25 (872/-) 14 (578/-) 11 (457/-)
1V7P 76 (-/-) 52 (-/-) 13 (-/-)
1WLI - - -
1YI5 - - -
1ZY8 202 (325/435) 143 (527/1097) 54 (495/940)
2A42 - - -
2ATQ - - -
2B4S - - -
2CKH 1 (1/21) 1 (1/178) 1 (1/68)
2G45 912 (-/-) 682 (-/-) 438 (-/-)
2GD4 - - -
2GOO - - -
2GY7 - - -
3FAP 143 (-/-) 80 (-/-) 95 (-/-)
3PRO 158 (350/-) 41 (154/-) 136 (412/-)
\(\varnothing \) 228.3 355.2 223.5
  1. [a] The rank is set to 2,000 for calculating the average
  2. \(\varnothing \) indicates the average rank for the complex class in question. Targets without a hit in the top 2,000 are indicated by ‘–’. Values in brackets show the best rank for predictions with an IRMSD <2 Å and <1 Å, respectively. If such predictions are not found, no value is being reported